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民國36年改組成立臺東縣稅捐稽徵處，隸屬臺東縣政府，負責全縣國、省、地方稅稽徵業務。
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民國81年9月臺灣省各區成立國稅局後，將國稅(除營業稅外)稽徵業務移撥國稅(分)局辦理。
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民國92年1月起，營業稅移撥國稅局稽徵，修正組織編制，置5課4室，負責全縣地方稅稽徵業務。
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民國97年1月31日，配合地方制度法之修正，機關全銜更名為臺東縣稅務局，修正組織編制將課修正為科。
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民國101年因應組織調整，修正本局組織規程，置財產稅科、土地稅科、法務企劃科、稅務管理科、資訊科、行政科及會計室、人事室、政風室等6科3室。
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民國106年5月1日修訂組織規程及編制表，原法務企劃科修改為服務企劃科，原稅務管理科娛樂印花稅股修改為法務股。
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民國107年5月1日修訂組織規程及編制表，「原6科6股調整為8科2股」，減列股長員額2名，原財產稅科修改為房屋稅科及使用牌稅科，原土地稅科修改為地價稅科及土地增值稅科。